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微生态制剂在20世纪70年代兴起时，被认为只有活的微生物才能起到微生态的平衡作用，因此认定微生态制剂是活菌制剂，甚至有一段时间，把微生态制剂就称为“活菌制剂”。但随着科学研究的深入，微生态制剂的不断发展，大量资料证明，死菌体、菌体成份、代谢产物也具有调整微生态失调的功效。因此在1994年德国海德堡召开的国际微生态学术讨论会上，对微生态制剂(益生菌)下的定义为：“益生菌是含活菌和(或)死菌，包括其组分和产物的活菌制品，经口或经由其它粘膜途径投入，旨在改善粘膜表面处微生物或酶的平衡，或者刺激特异性或非特异性免疫机制”。
微生态制剂在种植业上的主要作用有：
①许多微生态制剂本身就含有大量的营养物质，有促进植物生长的功能。
②一些微生物在其发酵或代谢过程中，产生一定量的植物内源生长调节剂能使作物生长健壮，促熟增产，具有抗衰老、抗干旱、抗盐碱、抗强光、抗干热风等作用。
③可产生药理活性物质，直接调节微生物区系，抑制病原菌，控制病害发生，达到预防和治疗作用。
④微生态制剂的微生物均为有益菌，它们与植物体内有益菌一起形成强有力的优势种群，大量繁殖，通过竞争抑制使有害菌的增殖受到抑制。
各种环境因子都可能对微生态制剂产生一定的影响，我们应把不良影响降到最小，选择适宜的水环境，一般控制pH 6-8，水温15-35℃，水体溶解氧2㎎/L以上。当然，不同菌株受环境因子的影响也有所不同。微生态阴雨天使用光合细菌效果不明显；亚硝酸盐和pH偏高的水体，使用芽孢杆菌制剂的效果不明显；pH值低于7或者高于8.5的水体，以及溶解氧含量低的水体，不利于硝化细菌的生长；光对硝化细菌的生长，繁殖也有一定的抑制作用。因此，在使用微生态制剂前，应测定有个水环境因子的指标，依此选择相适应的微生态制剂，并通过改进措施，达到最为理想的效果。
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